A maioria dos estudos considera as fissuras labiopalatinas como defeitos de não fusão de estruturas embrionárias. Ou seja, tanto o lábio como palato (“céu da boca”) são formados por estruturas que, nas primeiras semanas de vida, estão separadas.
Estas estruturas devem se unir para que ocorra a formação normal da face. Se, no entanto, esta fusão não acontece, as estruturas permanecem separadas, dando origem às fissuras no lábio e/ou no palato.
As fissuras faciais são estabelecidas na vida intrauterina, no período embrionário (ou seja, até a 12a. semana de gestação), e apresentam grande diversidade de forma pela variabilidade na amplitude e pelas estruturas afetadas no rosto.